由于甲状腺功能减退症早期的症状不典型，病情进展缓慢，且可引起多系统损害，临床表现复杂多变、轻重不一，容易漏诊、误诊，所以当出现无故疲倦等不适感，需要及时就医，而且在治疗过程中甲状腺素替代治疗需在医生指导下进行，不可自行加量或减量，甚至自行停药。
鉴别诊断
贫血甲减常易误诊为恶性贫血、缺铁性贫血或再生障碍性贫血，两者均有皮肤苍*、毛发干枯、面容虚肿、表情淡漠、胃酸缺乏等临床表现。
但贫血患者心率较快、脉压差大和基础代谢率偏高，而甲减患者则对寒冷更为敏感，且伴唇厚舌大、音调低沉、心率缓慢，以及基础代谢率和血清游离甲状腺素及游离三碘甲腺原氨酸降低、促甲状腺素升高等，可以帮助鉴别。
慢性肾炎
甲减患者因水钠潴留，表现为皮肤苍白、水肿、贫血、高血压和血胆固醇升高。肾炎、慢性肾功能不全的患者，常常会表现甲状腺激素测定异常，主要是血清三碘甲状腺原氨酸下降，但促甲状腺素是正常的；而甲减患者的血清促甲状腺素是明显升高的。
肥胖症这类患者常伴有不同程度的水肿，基础代谢率低，易误为甲减，但游离三碘甲腺原氨酸、游离甲状腺素、促甲状腺素均正常。
甲状腺功能正常的病态综合征一些急性或慢性非甲状腺疾病临床表现为代谢减低和交感神经反应低下，如怕冷、乏力、浮肿、纳差、便秘等表现，测定血清三碘甲腺状原氨酸和(或)甲状腺素低下，容易误诊为甲减。
单纯三碘甲腺原氨酸低下称为低三碘甲腺原氨酸综合征，严重者还可以表现甲状腺素低下，称为低甲状腺素综合征。
血清三碘甲状腺原氨酸、甲状腺素下降是一种机体的保护性措施，人为的加服甲状腺激素制剂以提高机体的代谢率，必然会加剧原发疾病的病情。
垂体瘤长期甲减患者，尤其是儿童患者，垂体可以表现增大，有时会被误诊为垂体瘤。原发甲减长期甲状腺素下降，垂体促甲状腺素释放激素细胞增生肥大，致蝶鞍增大。
一些女性患者由于月经紊乱和泌乳，实验室检查发现催乳素轻度升高，被误诊为垂体催乳素分泌瘤。
有些甲减患者由于手足肿胀、唇厚舌大、声音嘶哑、手足增大，又有蝶鞍增大，会被误诊为垂体生长激素分泌瘤，甲状腺激素测定可以进行鉴别诊断。
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